"ქალთა ფონდი საქართველოში" რეგისტრაციაში საქართველოს იუსტიციის სამინისტრომ 2005 წლის 24 მაისს გაატარა. ფონდი „საგანმანათლებლო თანამშრომლობისა და განვითარების ცენტრის“ (ECDC) ინიციატივით დაფუძნდა, რომელიც 1998 წლიდან მუშაობს ადგილობრივი ფილანთროპიის განვითარებაზე, განსაკუთრებული ფოკუსით ქალთა საკითხებზე.
 
ECDC-ის ხედვა ისეთი ადგილობრივი ფონდის დაარსება იყო, რომელიც  ქალთა უფლებების მოძრაობას საქართველოში ადგილობრივი და საერთაშორისო დონორებისგან რესურსების მობილიზებით დაეხმარებოდა. საქართველოში ფილანთროპიის განვითარების შესახებ ორგანიზაციის ეს ხედვა ეფუძნებოდა შემდეგ ინსტრუმენტებს: კვლევები ადგილობრივი ფილანთროპიის განვითარების შესაძლებლობებზე, პუბლიკაციები ფილანთროპიის თეორიისა და პრაქტიკის, ქველმოქმედების ეთიკური სტანდარტების შესახებ და სხვა. ECDC ქალთა არასამთავრობო ორგანიზაციების და ადგილობრივი დონორების საინფორმაციო რესურსისგან ტრანსფორმირდა აქტიურ ლიდერად ქალთა მოძრაობისთვის აუცილებელი ფინანსური მხარდაჭერის მექანიზმების შემქმნაში. საბოლოოდ, 2005 წელს, „საგანმანათლებლო თანამშრომლობისა და განვითარების ცენტრმა“ საქმიანობა ახალ საფეხურზე აიყვანა და ახალი ორგანიზაცია „ქალთა ფონდი საქართველოში“ დააარსა.